Moderné ľudské osídlenie územia dnešnej Rwandy sa datuje najneskôr z poslednej doby ľadovej, buď z obdobia neolitu okolo roku 8000 pred Kristom, alebo z dlhého vlhkého obdobia, ktoré nasledovalo, až do roku 3000 pred Kristom. Archeologické vykopávky odhalili dôkazy o riedkom osídlení lovcami a zberačmi v neskorej dobe kamennej, po ktorých nasledovala väčšia populácia osadníkov zo staršej doby železnej, ktorí vyrábali jamkovú keramiku a železné nástroje. Títo raní obyvatelia boli predkami Twa, domorodých trpasličích lovcov a zberačov, ktorí dnes zostávajú v Rwande. Medzi rokmi 700 pred Kristom a 1500 n. l. do Rwandy migrovalo množstvo bantuských skupín, ktoré vyčistili lesnú pôdu pre poľnohospodárstvo. Lesný dom Twa stratil veľkú časť svojho biotopu a presťahoval sa na svahy hôr. Historici majú niekoľko teórií týkajúcich sa povahy migrácií Bantuov; jedna teória hovorí, že prvými osadníkmi boli Hutuovia, kým Tutsiovia migrovali neskôr, aby vytvorili odlišnú rasovú skupinu, pravdepodobne nilohamitského pôvodu. Alternatívnou teóriou je, že migrácia bola pomalá a stabilná, pričom prichádzajúce skupiny sa skôr integrovali do existujúcej spoločnosti, než aby ju dobyli. Podľa tejto teórie rozlíšenie Hutuov a Tutsiov vzniklo neskôr a bolo skôr triednym ako rasovým.
Najstaršou formou spoločenskej organizácie v tejto oblasti bol klan (ubwoko). Klany sa neobmedzovali len na genealogické línie alebo geografickú oblasť a väčšina zahŕňala Hutuov, Tutsiov a Twa. Od 15. storočia sa klany začali spájať do kráľovstiev; do roku 1700 existovalo v dnešnej Rwande približne osem kráľovstiev. Jedno z nich, Rwandské kráľovstvo, ktorému vládol klan Tutsi Nyiginya, sa od polovice 18. storočia stalo čoraz dominantnejším. Najväčší rozsah kráľovstvo dosiahlo v devätnástom storočí za vlády kráľa Kigeliho Rwabugiriho. Rwabugiri dobylo niekoľko menších štátov, rozšírilo kráľovstvo na západ a sever a iniciovalo administratívne reformy; medzi ne patrilo ubuhake, v ktorom patróni Tutsiov postúpili dobytok, a teda privilegované postavenie, klientom Hutu alebo Tutsi výmenou za ekonomické a osobné služby, a uburetwa, systém roboty, v ktorom boli Hutuovia nútení pracovať pre tutsijských náčelníkov. Zmeny v Rwabugiri spôsobili, že medzi populáciami Hutuov a Tutsi narástol rozpor. Twa boli na tom lepšie ako v časoch pred kráľovstvom, niektorí sa stali tanečníkmi na kráľovskom dvore, ale ich počet naďalej klesal. Berlínska konferencia v roku 1884 pridelila toto územie Nemecku ako súčasť Nemeckej východnej Afriky, čo znamenalo začiatok koloniálnej éry. Prieskumník Gustav Adolf von Götzen bol prvým Európanom, ktorý v roku 1894 výrazne preskúmal krajinu; prešiel z juhovýchodu k jazeru Kivu a stretol kráľa. Nemci výrazne nezmenili sociálnu štruktúru krajiny, ale prejavili svoj vplyv podporou kráľa a existujúcej hierarchie a delegovaním moci na miestnych náčelníkov. Belgické sily ovládli Rwandu a Burundi v roku 1916, počas prvej svetovej vojny, čím sa začalo obdobie priamejšej koloniálnej nadvlády. Belgicko ovládalo Rwandu aj Burundi ako mandát Ligy národov s názvom Ruanda-Urundi. Belgičania tiež zjednodušili a centralizovali mocenskú štruktúru a zaviedli rozsiahle projekty v oblasti vzdelávania, zdravotníctva, verejných prác a dohľadu nad poľnohospodárstvom, vrátane nových plodín a zlepšených poľnohospodárskych techník, aby sa pokúsili znížiť výskyt hladomoru. Nemci aj Belgičania podporovali nadvládu Tutsiov, keďže Hutu a Tutsi považovali za odlišné rasy. V roku 1935 Belgicko zaviedlo preukazy totožnosti označujúce každého jednotlivca buď ako Tutsi, Hutu, Twa alebo Naturalised. Zatiaľ čo predtým bolo pre obzvlášť bohatých Hutuov možné stať sa čestnými Tutsimi, identifikačné preukazy zabránili akémukoľvek ďalšiemu pohybu medzi triedami.
Belgicko po druhej svetovej vojne naďalej vládlo Ruanda-Urundi (ktorého Rwanda tvorila severnú časť) ako zvereneckému územiu OSN s mandátom dohliadať na prípadnú nezávislosť. Napätie eskalovalo medzi Tutsimi, ktorí uprednostňovali skorú nezávislosť, a emancipačným hnutím Hutuov, ktoré vyvrcholilo v roku 1959 v Rwandskej revolúcii: aktivisti Hutu začali zabíjať Tutsiov a ničiť ich domy, čo prinútilo viac ako 100 000 ľudí hľadať útočisko v susedných krajinách. V roku 1961 zorganizovali náhle prohutuskí Belgičania referendum, v ktorom krajina odhlasovala zrušenie monarchie. Rwanda bola oddelená od Burundi a nezávislosť získala 1. júla 1962, čo si pripomíname ako Deň nezávislosti, štátny sviatok. Nasledovali cykly násilia, keď Tutsiovia v exile útočili zo susedných krajín a Hutuovia sa pomstili rozsiahlym zabíjaním a represiami voči Tutsiom. V roku 1973 prevzal moc Juvénal Habyarimana vojenským prevratom. Pro-Hutuská diskriminácia pokračovala, ale bola tu väčšia ekonomická prosperita a menšie množstvo násilia voči Tutsiom. Twa zostali na okraji spoločnosti a do roku 1990 ich vláda takmer úplne vytlačila z lesov; mnohí sa stali žobrákmi. Populácia Rwandy sa zvýšila z 1,6 milióna ľudí v roku 1934 na 7,1 milióna v roku 1989, čo viedlo k konkurencii o pôdu.
V roku 1990 Rwandský vlastenecký front (RPF), povstalecká skupina zložená z takmer 500 000 utečencov Tutsi, vtrhla zo svojej základne v Ugande do severnej Rwandy, čím vyvolala rwandskú občiansku vojnu. Skupina odsúdila vládu ovládanú Hutumi za to, že nedokázala demokratizovať a postaviť sa problémom, ktorým títo utečenci čelia. Žiadna zo strán nedokázala vo vojne získať rozhodujúcu výhodu, ale v roku 1992 to oslabilo Habyarimanovu autoritu; masové demonštrácie ho prinútili uzavrieť koalíciu s domácou opozíciou a nakoniec podpísať Arusha Accords z roku 1993 s RPF. Prímerie sa skončilo 6. apríla 1994, keď bolo Habyarimanovo lietadlo zostrelené neďaleko letiska Kigali a zahynulo. Zostrelenie lietadla slúžilo ako katalyzátor rwandskej genocídy, ktorá sa začala v priebehu niekoľkých hodín. V priebehu približne 100 dní bolo pri dobre naplánovaných útokoch na príkaz dočasnej vlády zabitých 500 000 až 1 000 000 Tutsiov a politicky umiernených Hutuov. Mnoho Twa bolo tiež zabitých, napriek tomu, že neboli priamo terčom útoku. Tutsi RPF obnovili svoju ofenzívu a metodicky prevzali kontrolu nad krajinou, pričom do polovice júla získali kontrolu nad celou krajinou. Medzinárodná reakcia na genocídu bola obmedzená, hlavné mocnosti sa zdráhali posilniť už aj tak preťažené mierové sily OSN. Keď RPF prevzala moc, približne dva milióny Hutuov utiekli do susedných krajín, najmä do Zaïre, zo strachu z represálií; okrem toho bola armáda pod vedením RPF kľúčovým bojovníkom v prvej a druhej vojne v Kongu. V rámci Rwandy sa začalo obdobie zmierenia a spravodlivosti založením Medzinárodného trestného tribunálu pre Rwandu (ICTR) a opätovným zavedením Gacaca, tradičného dedinského súdneho systému. Od roku 2000 rwandská ekonomika, počet turistov a index ľudského rozvoja rýchlo rástli; medzi rokmi 2006 a 2011 sa miera chudoby znížila z 57 % na 45 %, pričom priemerná dĺžka života vzrástla zo 46,6 roka v roku 2000 na 65,4 roka v roku 2021.