Rwanda má mierne tropické vysokohorské podnebie s nižšími teplotami, než sú typické pre rovníkové krajiny kvôli jej vysokej nadmorskej výške. Kigali, v strede krajiny, má typický denný teplotný rozsah medzi 12 a 27 °C (54 a 81 °F), s malými výkyvmi v priebehu roka. V krajine existujú určité teplotné rozdiely; hornatý západ a sever sú vo všeobecnosti chladnejšie ako nižšie položený východ. V roku sú dve obdobia dažďov; prvá prebieha od februára do júna a druhá od septembra do decembra. Oddeľujú ich dve obdobia sucha: hlavné obdobie od júna do septembra, počas ktorého často vôbec neprší, a kratšie a menej silné od decembra do februára. Zrážky sa geograficky líšia, pričom na západe a severozápade krajiny spadne ročne viac zrážok ako na východe a juhovýchode. Globálne otepľovanie spôsobilo zmenu vzoru období dažďov. Podľa správy Strategic Foresight Group zmena klímy znížila počet daždivých dní počas roka, ale tiež spôsobila zvýšenie frekvencie prívalových dažďov. Obe zmeny spôsobili farmárom ťažkosti a znížili ich produktivitu. Strategická prognóza tiež charakterizuje Rwandu ako rýchlo sa otepľujúcu krajinu s nárastom priemernej teploty od 0,7 °C do 0,9 °C za päťdesiat rokov.