V praveku zaberal horský les jednu tretinu územia dnešnej Rwandy. Prirodzene sa vyskytujúca vegetácia je teraz väčšinou obmedzená na tri národné parky, pričom zvyšku krajiny dominuje terasovité poľnohospodárstvo. Nyungwe, najväčšia zostávajúca časť lesa, obsahuje 200 druhov stromov, ako aj orchidey a begónie. Vegetácia v národnom parku Volcanoes je prevažne bambusová a rašeliniská s malými plochami lesov. Naproti tomu Akagera má ekosystém savany, v ktorom agát dominuje flóre. V Akagere je niekoľko vzácnych alebo ohrozených druhov rastlín, vrátane Markhamia lutea a Eulophia guineensis.
Najväčšia rozmanitosť veľkých cicavcov sa nachádza v troch národných parkoch, ktoré sú vyhlásené za chránené územia. Akagera obsahuje typické savanové zvieratá, ako sú žirafy a slony, zatiaľ čo sopky sú domovom približne jednej tretiny celosvetovej populácie horských goríl. Les Nyungwe sa môže pochváliť trinástimi druhmi primátov vrátane šimpanzov obyčajných a stromových opíc ruwenzori; kolobus Ruwenzori sa pohybuje v skupinách až 400 jedincov, čo je najväčšia tlupa spomedzi všetkých primátov v Afrike. Rwandská populácia levov bola zničená po genocíde v roku 1994, keď sa národné parky zmenili na tábory pre vysídlených ľudí a zostávajúce zvieratá. boli otrávení pastiermi dobytka. V júni 2015 dva juhoafrické parky darovali sedem levov národnému parku Akagera, čím sa obnovila populácia levov v Rwande. Levy boli pôvodne držané v oplotenej oblasti parku, a potom obojky a vypustené do voľnej prírody o mesiac neskôr. V Rwande žije 670 druhov vtákov s rozdielmi medzi východom a západom. Les Nyungwe na západe má 280 zaznamenaných druhov, z ktorých 26 je endemických pre Albertinskú priekopu; Medzi endemické druhy patrí turako Rwenzori a pekný ostroh. Naproti tomu vo východnej Rwande sa vyskytujú savanové vtáky, ako je gonolek čiernohlavý a tie, ktoré sú spojené s močiarmi a jazerami, vrátane bocianov a žeriavov. Nedávne entomologické práce v krajine odhalili bohatú rozmanitosť modliviek, vrátane nového druhu Dystacta tigrifrutex. Rwanda obsahuje tri suchozemské ekoregióny: horské lesy Albertine Rift, mozaiku lesov a saván Victoria Basin a horské vresoviská Ruwenzori-Virunga. Krajina mala v roku 2019 priemerné skóre indexu integrity lesnej krajiny 3,85/10, čo ju celosvetovo zaradilo na 139. miesto zo 172 krajín.