Kvalita zdravotnej starostlivosti v Rwande bola historicky veľmi nízka, a to pred genocídou v roku 1994 aj bezprostredne po nej. V roku 1998 zomrelo viac ako jedno z piatich detí pred svojimi piatymi narodeninami, často na maláriu. Prezident Kagame stanovil zdravotníctvo za jednu z priorít rozvojového programu Vízia 2020, pričom výdavky na zdravotnú starostlivosť zvýšili na 6,5 % hrubého domáceho produktu krajiny. 2013 v porovnaní s 1,9 % v roku 1996. Vláda preniesla financovanie a riadenie zdravotnej starostlivosti na miestne komunity prostredníctvom systému poskytovateľov zdravotného poistenia nazývaného mutuelles de santé. Mutuelles boli testované v roku 1999 a boli sprístupnené celoštátne v polovici 2000-tych rokov s pomocou medzinárodných rozvojových partnerov. Prémie v rámci schémy boli pôvodne 2 USD ročne; od roku 2011 sa sadzba mení na kĺzavej škále, pričom najchudobnejší neplatia nič a maximálne poistné stúpne na 8 USD na dospelú osobu. Od roku 2014 sa schémou týkalo viac ako 90 % populácie. Vláda tiež zriadila školiace inštitúty vrátane Kigali Health Institute (KHI), ktorý bol založený v roku 1997 a teraz je súčasťou University of Rwanda. V roku 2005 prezident Kagame spustil aj program známy ako Prezidentská iniciatíva proti malárii. Cieľom tejto iniciatívy bolo pomôcť dostať najpotrebnejšie materiály na prevenciu malárie do najvidieckejších oblastí Rwandy, ako sú siete proti komárom a lieky.
V posledných rokoch zaznamenala Rwanda zlepšenie v mnohých kľúčových zdravotných ukazovateľoch. V rokoch 2005 až 2013 sa priemerná dĺžka života zvýšila z 55,2 na 64,0, úmrtnosť do 5 rokov sa znížila zo 106,4 na 52,0 na 1 000 živonarodených detí a výskyt tuberkulózy klesol zo 101 na 69 na 100 000 ľudí. Pokrok krajiny v zdravotníctve citovali medzinárodné médiá a charitatívne organizácie. The Atlantic venoval článok „Historickej obnove zdravia Rwandy“. Partners In Health opísali zdravotné prínosy „medzi najdramatickejšie, aké svet zaznamenal za posledných 50 rokov“. Napriek týmto zlepšeniam však v zdravotnom profile krajiny naďalej dominujú prenosné choroby a Americká agentúra pre medzinárodný rozvoj opísala „… závažné zdravotné problémy“, vrátane miery úmrtnosti matiek, ktorú opisuje ako „neprijateľne vysokú“, ako aj prebiehajúcu epidémiu HIV/AIDS. Podľa Amerických centier pre kontrolu a prevenciu chorôb sa cestujúcim do Rwandy dôrazne odporúča, aby užívali preventívne lieky proti malárii, ako aj uistiť sa, že majú aktuálne vakcíny, ako je žltá zimnica. Rwanda má tiež nedostatok odborných lekárov, 0,84 lekára, sestry a pôrodné asistentky na 1 000 obyvateľov. Rozvojový program Organizácie Spojených národov (UNDP) monitoruje pokrok krajiny v oblasti zdravia smerom k rozvojovým cieľom milénia 4 – 6, ktoré sa týkajú zdravotnej starostlivosti. V správe UNDP z polovice roku 2015 sa uvádza, že krajina nesplnila cieľ 4 týkajúci sa dojčenskej úmrtnosti, napriek tomu, že „dramaticky poklesla“; krajina „napreduje“ smerom k cieľu 5, ktorým je zníženie miery úmrtnosti matiek o tri štvrtiny, pričom cieľ 6 ešte nie je splnený, keďže prevalencia HIV nezačala klesať.